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「虫の居所が悪い」の”虫”ってなんだろうね、と思って辞書を引いてみると、

人間の体内にあって、意識や感情を左右すると考えられているもの。
（標準国語辞典：旺文社）

とある。
どうやらこの”虫”って妖怪のようだ。
原因がよくわからないものに姿形を与えて説明する、という妖怪の役割と同じようなものかも。
調べてみれば、この”虫”にあたる妖怪って存在しているかもしれないね。